Eine routinemäßige Desinfektion des Entenhauses sollte einmal pro Woche durchgeführt werden, und das Entenhaus und die Umgebung sollten einmal im Monat gründlich desinfiziert werden. Wenn es in der Umgebung eine Epidemie gibt, sollte die Desinfektion verstärkt werden. Je nach Situation muss es zweimal pro Woche desinfiziert werden. Bei der Verwendung von Desinfektionsmitteln sollten zwei oder mehr Desinfektionsmittel abwechselnd verwendet werden, um zu verhindern, dass Keime resistent gegen Desinfektionsmittel werden.